El profesor Pumpernickel, un excéntrico sabio procedente de la desconocida isla de Laxaria, recorre España en busca de objetos mágicos y lugares de antiguo poder. Lo acompaña Juanito, su sobrino, un chico listo y curioso que le ayudará a solucionar más de un enigma.
Viaje por la España Mágica del Profesor Pumpernickel y su Ayudante Juanito es la reproducción de los diarios del archifamoso explorador, inventor y panadero Mathías Pumpernickel. en ellos se cuentan todos los detalles de las aventuras que vivió en distintos lugares de España durante su viaje en busca de objetos mágicos, criaturas de leyenda y lugares de poder.