El orden invisible de las cosas sigue los pasos de Juan Devesa en dos momentos decisivos de su vida: sus años en la universidad, a mediados de los noventa, cuando conoce a Elisa, una estudiante de Zaragoza con quien mantendrá una intensa relación amorosa, y el derrumbamiento, lento y doloroso, de su matrimonio veinte años después. A medida que su relación con Elisa se hace más profunda, una sombra de inopinada violencia se cierne sobre ellos: la noticia de la desaparición de un estudiante a finales de los años sesenta los pone en la pista de la temida Brigada Político-Social del franquismo, donde el célebre policía Billy el Niño ejercía su poder represor con impunidad y sadismo.